A fogalom hazai és nemzetközi meghatározása eltér egymástól. Az ökoszisztéma nyílt modell, azaz változhat, és bizonyos szintig képes az önszabályozásra. Az ökoszisztémát így érthetjük például egy kis mezőre, az Amazonas-medencére vagy akár az egész Földre is.
A nemzetközi tudomány ökoszisztéma alatt egy adott élettani társulást és annak élőhelyét valamint ezek kölcsönhatását érti.